Bei den Angriffen im Februar 1994 und August 1995 auf dem Markale-Markt kamen mehr als 100 Personen ums Leben, über 300 wurden verletzt. Für die Anschläge werden die bosnisch-serbischen Truppen verantwortlich gemacht, die Sarajevo zu dieser Zeit belagerten. Karadzic bestreitet dies und behauptet, dass die Angriffe von der bosniakischer Kriegsarmee (ABiH) vorgenommen worden seien, um eine internationale Vergeltungsaktion gegen bosnisch-serbische Truppen auszulösen. Wegen der Angriffe auf den Markale-Platz waren vor dem UNO-Tribunal zwei ehemalige bosnisch-serbische Offiziere, Stanislav Galic und Dragomir Milosevic, bereits zu lebenslanger Haft, bzw. zu 33 Jahren Haft verurteilt worden.
Karadzic werden in elf Fällen Völkermord, Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit vorgeworfen – darunter seine mutmaßliche Verantwortung für den Völkermord an etwa 8.000 Muslimen in der UNO-Schutzzone Srebrenica durch bosnisch-serbische Truppen im Juli 1995. Er war im Juli 2008 nach 13-jähriger Flucht in Belgrad festgenommen und an das Haager Tribunal ausgeliefert worden. Hinter seinen wiederholten Forderungen nach bestimmten Dokumenten werden auch Versuche vermutet, den Prozess hinauszuzögern. Nach Erwartungen des UNO-Tribunals soll der Karadzic-Prozess bis 2014 auch in zweiter Instanz abgeschlossen sein. Dem Haager Angeklagten droht eine lebenslange Haftstrafe.
